役員・従業員等に通常の給与に加算して支給する通勤手当は、一定の限度額まで非課税となっています。
マイカーや自転車などで通勤している人の非課税となる1か月当たりの限度額は、片道の通勤距離(通勤経路に沿った長さ)に応じて、定められています。
このマイカー・自転車通勤者の通勤手当について、所得税法施行令の一部改正が行われ、1か月当たりの非課税限度額が次のように引き上げられました。
・2km未満       全額課税
・2km以上10km未満  4,200円
・10km以上15km未満  7,100円
・15km以上25km未満  12,900円
・25km以上35km未満  18,700円
・35km以上45km未満  24,400円
・45km以上55km未満  28,000円
・55km以上       31,600円
1か月当たりの非課税となる限度額を超えて通勤手当を支給する場合には、超える部分の金額が給与として課税されます。
この超える部分の金額は、通勤手当を支給した月の給与の額に上乗せして所得税及び復興特別所得税の源泉徴収を行います。
今回の改正は、平成26年10月20日に施行されましたが、遡って平成26年4月1日以降に支払われるべき通勤手当について適用されます。
従って、既に支払われた通勤手当については、改正前の非課税規定を適用したところで所得税及び復興特別所得税の源泉徴収が行われていますが、改正後の非課税規定を適用した場合に過納となる税額は、本年の年末調整の際に精算することになります。
退職者など、本年の年末調整の際に精算する機会のない人については、確定申告により精算することになります。
退職者などに対し、既に給与所得の源泉徴収票を交付している場合には、「支払金額」欄を訂正するとともに、「摘要」欄に「再交付」と表示した給与所得の源泉徴収票を作成し、再度交付してあげてください。

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