支払った消費税が全額控除できない場合も？

消費税の課税売上割合が95％未満となった場合は仕入控除税額が制限される消費税の申告にあたり原則課税方式を選択している場合は、課税売上割合（課税売上と非課税売上の合計に占める課税売上の割合）が95％以上であれば、支払った
消費税は、受取った消費税から全額控除することができます。
ところが土地や株式の売却・土地や住宅の賃貸収入などがあった場合には、非課税売上が増えて課税売上割合が95％未満となることがあります。
この場合には、全額控除することが認められず、課税売上高に対応する課税仕入税額を別途算出し控除しなければなりません。
この算出方式には、個別対応方式と一括比例配分方式とがあります。
控除方式には２種類ある
（1）個別対応方式
課税売上に対応する仕入税額と課税非課税共通の仕入税額のうち課税売上割合相当額の合計額をもって控除対象仕入税額とする方式です。
（2）一括比例配分方式
課税仕入税額の合計額のうち課税売上割合に相当する額のみ控除対象仕入税額とする方式です。
一括比例配分方式と個別対応方式とどちらが有利？
一般的に、非課税売上に対応する課税仕入が多く発生する場合には、一括比例配分方式を選択した方が有利です。
一方、課税売上に対応する課税仕入が多く発生する場合には、個別対応方式を選択した方が有利です。
選択は申告書提出時までに行えばよい？
消費税の申告書提出時までに、いずれか有利な方式を選択することが可能です。
但し一括比例配分方式を選択した場合、２年間継続適用しなければなりません。
事務処理が煩雑になることもある個別対応方式は、取引ごとに課税仕入を課税売上対応、非課税売上対応、課税非課税共通対応の3つに区別して経理することが必要ですので、日常の事務処理が煩雑になる場合があります。