更正処分の原則と例外

更正処分のできる期間の原則
所得税などの税金の確定は本人からの申告に拠りますが、税務署長もそれを変更する権限を持っています。
その権限行使を更正処分といい、期限内申告書に対する（増額）更正処分には法定申告期限（平成21年分の場合は平成22年３月15日）から３年以内、（減額）更正処分は５年以内という期間制限が付されています。
なお、脱税で刑事訴追を受けるようなケースでは７年です。
そもそも申告義務がない場合
給与所得者である納税者が医療費控除を受けるための平成21年分の還付申告書を平成22年１月10日に提出した。
という場合、この申告書には申告義務、すなわち法定申告期限がないので、この還付申告書についての（増額）更正処分の期限は、その申告書を提出した日から３年以内となり、平成25年１月10日が処分可能期限となります。
期限後申告だと3年縛りを超えることも
申告義務のある者が期限に遅れて、期限後申告書を提出した場合には、（増額）更正処分の期間制限は、「法定申告期限から３年を経過する日と期限後申告書提出日から２年を経過する日のいずれか遅い日まで」となっています。
ただし、最長５年が限度なので、４年９ヶ月で出した期限後申告では更正処分可能期間は３ヶ月しかないことになります。
期限内申告でも3年縛りを超えることも
判決があったこと等に基づいて５年前分の申告について更正の請求をしたことに関連して４年前分の所得税額が増加するような場合には、３年経過後にかかわらず、更正の請求に拠る更正があった日から６か月間であれば、期間制限の特例により（増額）更正処分をすることができることになっています。
増税のない場合の増額更正は５年
繰越損失の額を少額なものにする更正処分は増額更正の仲間ですが、損失額の発生年度の額の変更に関しては３年ではなく、５年の期間制限です。ただし、その更正に伴い３年を超える過去の期間について納税額が算出されたとしても、それは期間制限により更正処分の対象になりません。