海外転勤の予定期間が1年未満の場合には、一般的には所得税法上の「居住者」となるため、国内勤務者と変わらず、海外転勤後に支払う給与も源泉徴収が必要となり、12月には年末調整も行います。
しかし、海外支店などに1年以上の予定で勤務する給与所得者は、一般的には、国内に住所を有しない者とされ、所得税法上の「非居住者」になります。
海外転勤となった場合
非居住者が受け取る給与は、たとえその給与が日本にある本社から支払われていても勤務地が外国である場合、原則として日本の所得税は課税されません。
そのため、出国前に支払の確定した給与を対象に、出国までに年末調整が必要となります。
扶養控除や配偶者控除などの適用は、出国時の現況で判断することになります。
社会保険料や生命保険料は、居住者が支払った場合に控除対象とされているため、出国日までに支払った保険料等のみ控除対象となり、保険料を前納している場合には、出国前の期間に対応する金額のみが控除対象となります。
ただし、海外に転勤後に支払われるボーナスなどの計算期間内に、日本で勤務した期間が含まれている場合、日本での勤務期間に対応する金額に対して20.42%の税率で源泉徴収が必要です。
なお、給与等の計算期間が1か月以下であれば、給与等の計算期間のうちに日本での勤務期間が含まれていても源泉徴収をしなくてもよいことになっています。
帰国した場合
海外転勤者が帰国した場合には、帰国後に支払日が到来する給与やボーナスは、その金額に非居住者の期間に対応する金額が含まれていても、その全額が源泉徴収の対象となります。
帰国日以降に、「給与所得者の扶養控除等申告書」が提出されていれば、帰国後に支払われる給与、ボーナスが年末調整の対象となります。
この場合、社会保険料、生命保険料などは、帰国日以後に支払った保険料等のみが控除対象となります。
内国法人の役員の場合
内国法人の役員としての海外勤務に対する給与については、従業員とは取扱いが違います。
役員に対する給与は、使用人兼務役員を除き、日本の所得税及び復興特別所得税がかかるため、20.42%の税率で源泉徴収が必要です。
ただし、役員の給与に対する課税の取扱いについては、いくつかの国と租税条約を結んでいますので、国内法に優先して適用されるこれらの租税条約の内容を確認することが必要です。

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