収用等による資産の譲渡課税
収用等により資産を譲渡し、補償金等を取得した場合、5,000万円の特別控除や代替資産の取得による課税の繰延等といった税の優遇制度が設けられています。
前者の特別控除とは、収用等による資産の譲渡所得の金額（譲渡益）から5,000万円（譲渡所得の金額は5,000万円に満たないときはその金額）が特別に控除され、課税所得が軽減される、というものです。
一方、後者の代替資産の取得による課税の繰延とは、収用等によって取得した補償金等の全部で代替資産を取得したときは譲渡がなかったものとされ、譲渡所得は課税されません。
また、補償金等の一部で代替資産を取得したときは、代替資産の取得に充てられた補償金等に対応する部分の譲渡がなかったものとされ、残りの補償金等についてだけ譲渡所得が課税されます。
なお、収用等により譲渡した資産の取得費のうち、譲渡がなかったものとされる部分に対応する金額は、代替資産に引継がれます。
各種補償金の原則的な取扱い
収用等に際しては、土地等の買い取りの対価としての補償金（対価補償金）のみならず、これに関連するすべての費用、損失等が補てん・補償されます。
例えば、収益補償金、経費補償金、移転補償金などがその例です。
この場合、これら取得した補償金のすべてが、課税の特例の対象になるというわけではありません。
特例の対象になるのは、原則、土地等の買い取り部分に対応する対価補償金のみで、他の補償金は事業所得等の収入金額あるいは一時所得の収入金額となります。
例外的な取扱い（補償金の内容を吟味）
しかし、課税実務では、納税者に有利な幾つかの例外的取扱いを認めています。
１）建物等の移転補償金について
移転ではなく、現実に建物等を取壊したときは、移転補償金は対価補償金とする。
２）収益補償金のうち建物の収用等に伴って支払われる営業・家賃減収補償金
この収益補償金は、その建物の対価補償金として取扱われた金額が当該建物の再取得価額に満たないとき、その満たない金額を、又は不明なとき、その建物の対価補償金の額に当該建物が木造等である場合は100/65、その他の構造である場合は100/95を乗じて算出した金額を同建物の対価補償金に振替えることができます。　
　

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